Cada vez que elimines a un enemigo obtendrás puntos, y dependiendo de su grado de dificultad obtendrás más o menos (100, 200, 400, 500 ó 1000).

Los Bowser de los castillos solo podrán darte puntos si les derrotas con bolas de fuego (5000 pts.). Si les tiras a la lava tocando el hacha que hay a su espalda no recibirás nada.

Los champiñones, flores de fuego y estrellas valdrán 1000 puntos.

Derrotando a varios enemigos seguidos lograrás mayor puntuación de la normal. Si por ejemplo se trata de enemigos de los que normalmente dan 100 puntos, la puntuación que obtendrás al derrotarles de manera consecutiva será la siguiente: 100, 500, 800, 1000, 2000, 4000, 5000, 8000, y a partir de ahí vidas extra. Eso sí, tienes que eliminarles de manera consecutiva lanzándoles caparazones de tortuga, o pisándoles de manera consecutiva sin tocar el suelo.

Dependiendo de la altura a la que te agarres a la bandera del final de las fases recibirás más puntos o menos. De abajo arriba, la puntuación que puedes obtener es de 100, 200, 400, 800, 2000 y 5000. Además, si logras hacer aparecer fuegos artificiales, ganarás 500 puntos extra por cada uno.

Al término de un nivel se te multiplicará el tiempo que quede en tu cronómetro por 50, recibiendo entonces esa cantidad de puntos. Por ejemplo, si terminas una fase con 100 en tu cronómetro, recibirás 5000 puntos.