Este modo de juego está bloqueado inicialmente. Para desbloquearlo, primero tendrás que jugar al modo Historia y rescatar al capitán Charlie en el Día 7 ¿Dónde está el capitán? (Páramo Blanco) para volver a reunir a los tres miembros de la expedición.


Una vez desbloqueado este modo, verás una historia disponible: La misión de Olimar. Para desbloquear la segunda (El regreso de Olimar) deberás completar el modo Historia en cualquier nivel de dificultad.


Cada una de las dos historias tiene una serie de misiones, las cuales pueden tener reglas distintas, como obtener tantos Pikmin como puedas o llevar objetos a un lugar determinado. ¡No pierdas de vista el objetivo de tu misión y todo irá bien!
| La misión de Olimar |
Transcurre de forma paralela a la Historia principal. Podrás jugar una serie de misiones que se desbloquearán gradualmente a medida que avances en el modo Historia y que están protagonizadas por una pareja muy conocida: Olimar y Luis.
El objetivo es encontrar tesoros (pepitas y frutas) para poder saldar la deuda que ha contraído el presidente de la compañía Hocatete, S.L.


Las misiones acabarán cuando el cronómetro llegue a 00:00, y dependiendo de cómo lo hayas hecho, podrás ganar una medalla de bronce, plata, oro o platino (o nada si no lo haces demasiado bien). Es necesario conseguir al menos la medalla de bronce para poder pasar al siguiente día.


| Día | Objetivo | Tiempo |
| Día 1: Jardín | Recoge pepitas y frutas | 9:00 |
| Día 2: Bosque | Recoge pepitas y frutas | 10:00 |
| Día 3: Río | Recoge frutas | 10:00 |
| Día 4: Tundra | Recoge pepitas y frutas | 12:00 |
Consulta el mapa para ver dónde se encuentran los tesoros y los enemigos de cada escenario.

| El regreso de Olimar |
Transcurre después de la Historia principal. Podrás jugar una serie de misiones que se desbloquearán gradualmente a medida que avances y que también están protagonizadas por Olimar y Luis.
El objetivo es encontrar las piezas de la nave Dolphin para poder volver con ella a tu planeta.


Las misiones acabarán cuando el cronómetro llegue a 00:00, y dependiendo de cómo lo hayas hecho, podrás ganar una medalla de bronce, plata, oro o platino (o nada si no lo haces demasiado bien). Es necesario conseguir al menos la medalla de bronce para poder pasar al siguiente día.


| Día | Objetivo | Tiempo |
| Día 1: Reunión de Pikmin | Hazte con los Pikmin | 8:00 |
| Día 2: Limpieza xenobiológica | Derrota a los enemigos | 10:00 |
| Día 3: Mar, tierra y aire | Derrota a los enemigos | 12:00 |
| Día 4: La primera pieza | Consigue la pieza | 12:00 |
| Día 5: Cazando en equipo | Derrota a los enemigos | 12:00 |
| Día 6: Canal seco | Recoge pepitas y frutas | 14:00 |
| Día 7: Buscando a Luis | Encuentra a Luis | 14:00 |
| Día 8: Fiesta frutal | Recoge frutas | 15:00 |
| Día 9: La segunda pieza | Consigue la pieza | 13:00 |
| Día 10: La nave restaurada | Consigue las piezas | 13:00 |
Consulta el mapa para ver dónde se encuentran los enemigos y objetivos de cada escenario.
