Explora una zona al día para avanzar en la historia. La partida se guarda automáticamente al terminar cada día de expedición. La partida acabará si te quedas sin víveres, así que intenta volver a jugar algún día anterior cuando estés en una situación desesperada.
No existe un número de días determinado para terminar el juego, ya que depende de los víveres con los que cuentes. El desarrollo de esta guía se ha hecho en 19 días y obteniendo 29 frutas, pero puedes hacerlo en menos o en más días dependiendo del tiempo que inviertas en recolectar frutas.
| Lugar del aterrizaje (Páramo Blanco) | |
| Día | Detalles |
| Día 1, 08:44 a.m. Lugar del aterrizaje de Charlie | Establece contacto con los Pikmin amarillos. |
| Lugar del aterrizaje (Bosque de la Vida) | |
| Día | Detalles |
| Día 1, 08:46 a.m. Lugar del aterrizaje de Alph | Localiza la nave espacial. |
| Vergel de la Esperanza | |
| Día | Detalles |
| Día 2 de la expedición | Reúnete con Brittany. |
| Día 3 de la expedición | Investiga una misteriosa señal. |
| Día 4 de la expedición | Derrota al Ciempiédulo acorazado y recupera el terminal. |
| Páramo Blanco | |
| Día | Detalles |
| Día 5 de la expedición | Empieza la construcción de dos puentes. |
| Día 6 de la expedición | Reúne a Alph y Brittany y abre una cueva. |
| Día 7 de la expedición | Derrota a la Espectropolilla espejo y rescata al capitán Charlie. |
| Bosque de la Vida | |
| Día | Detalles |
| Día 8 de la expedición | Investiga una misteriosa señal. |
| Día 9 de la expedición | Derrota a la Babosa arenosa y recupera el terminal. |
| Río Azaroso | |
| Día | Detalles |
| Día 10 de la expedición | Libera a la cebolla rosa de una telaraña. |
| Día 11 de la expedición | Empieza la construcción de un puente. |
| Día 12 de la expedición | Termina la construcción del puente. |
| Día 13 de la expedición | Derrota al Abejardo jefe y rescata a un hocotatiano. |
| Vergel de la Esperanza | |
| Día | Detalles |
| Día 14 de la expedición | Localiza a los Pikmin azules y construye un puente marrón. |
| Día 15 de la expedición | Construye un puente azul. |
| Día 16 de la expedición | Derrota al Islote zancudo y rescata de nuevo al hocotatiano. |
| Torre de la Soledad | |
| Día | Detalles |
| Día 17 de la expedición | Construye un puente marrón. |
| Día 18 de la expedición | Despeja el camino hasta la salida de la cueva. |
| Día 19 de la expedición | Derrota al Plasmaespectro. |