Las historias secundarias son pequeñas misiones que complementan la trama principal del juego. Están marcadas en el mapa con un bocadillo de tamaño más pequeño que los de la trama principal y de color azul.
No es necesario completarlas, pero si lo haces conseguirás asteriscos para poder usar nuevos trabajos.


En cada historia secundaria encontrarás a dos personajes que te pueden dar asteriscos de trabajo, pero solo lo hará uno de ellos. Cada personaje defenderá su opinión sobre lo que ocurra en ese momento y tú debes decidir que opción apoyas para enfrentarte a uno u otro.
El asterisco que no consigas ahora lo podrás conseguir más adelante al elegir Nueva partida +.
A continuación, tienes una lista con todas las historias secundarias, el momento en el que aparecen, el asterico que puedes conseguir y el enemigo final que debes vencer junto a su localización.
| Historia Secundaria | Asteriscos | Enemigos finales | Localización |
| Historia secundaria 01 | * Ladrón. * Mago rojo. |
- El Chacal - Fiore DaRosa |
Capítulo 1 |
| Historia secundaria 02 | * Invocador. * Ma. espad. |
- Mephilia - Kamiizumi |
Capítulo 1 |
| Historia secundaria 03 | * Mercader * Mago blanco |
- Profiteur - Holly |
Capítulo 2 |
| Historia secundaria 04 | * Cazador * Mago negro |
- Artemia - Ominas |
Capítulo 2 |
| Historia secundaria 05 | * Caballero * Ninja |
- Heinkel - Konoe Kikvo |
Capítulo 2 |
| Historia secundaria 06 | * Monje * Valquiria |
- Barra - Einheria |
Capítulo 3 |
| Historia secundaria 07 | * Artista * Pirata |
- Praline - Barbarossa |
Capítulo 3 |
| Historia secundaria 08 | * Caballero oscuro * Mago del tiempo |
- Alternis - Khamer |
Capítulo 3 |
| Historia secundaria 09 | Anteriores sin conseguir | Anteriores | Capítulo 5 |
| Historia secundaria 10 | * Templario | - Braev | Capítulo 6 |
| Historia secundaria 11 | * Yōkai | - Yōko | Capítulo 6 |