Las subtramas son pequeñas historias que complementan la trama principal del juego. Están marcadas en el mapa con un bocadillo de tamaño más pequeño que los de la trama principal y de color azul. No es necesario completarlas, pero si lo haces conseguirás asteriscos para poder usar nuevos trabajos. Para conseguir el asterisco siempre deberás derrotar a un enemigo final, y en el caso de las dos primeras subtramas puedes conseguir dos asteriscos en cada una.


A continuación, tienes una lista con todas las subtramas, el momento en el que aparecen, el asterico que puedes conseguir y el enemigo final que debes vencer junto a su localización.
Ten en cuenta que si en el capítulo indicado abajo no has derrotado al enemigo correspondiente y has seguido avanzando, más adelante puedes encontrar a esos enemigos junto a otros y derrotarlos entonces. Sería en ese momento cuando conseguirías los asteriscos de cada uno de ellos.
En la tabla está descrita la localización original de cada uno de ellos.
| Subtrama | Asteriscos | Enemigos finales y primera localización. | Localización |
| Subtrama 1 | * Ladrón. * Mercader. |
Derrotando a Ladrón, el jefe de Ruina Harena. Derrotando al Presidente Profiteur. |
Capítulo 1 |
| Subtrama 2 | * Esgrimago. * Mago del tiempo. |
Derrotando a Khint y Khamer en el interior del Gran Molino de Ancheim. | Capítulo 1 |
| Subtrama 3 | * Invocador | Derrotando a Mephilia en el Jardín Florem. | Capítulo 2 |
| Subtrama 4 | * Cazadora | Derrotando a Artemia. | Capítulo 2 |
| Subtrama 5 | * Mago rojo | Derrotando a DeRosa en Florem. | Capítulo 2 |
| Subtrama 6 | * Valquiria | Derrotando a Einheria en Madera vieja. | Capítulo 2 |
| Subtrama 7 | * Pirata | Derrotando a Barbarossa, el capitán del SS Funky Francisca. | Capítulo 3 |
| Subtrama 8 | * Artista | Derrotando a Praline en el Puente Eisen. | Capítulo 3 |
| Subtrama 9 | * Creador de bálsamos | Derrotando a Qada en el interior de Starkfort. | Capítulo 3 |
| Subtrama 10 | * Maestro espadachín | Derrotando a Kamiizumi en el interior de Starkfort. | Capítulo 3 |
| Subtrama 11 | * Ninja | Derrotando a Kikyo dentro de la casa de Goodman (Hartschild). | Capítulo 3 |
| Subtrama 12 | * Vampiro | Derrotando a Lord DeRosso en el Castillo vampiro. | Capítulo 4 |
| Subtrama 13 | * Hechicero | Derrotando al anciano Yulyana en Borados del bosque de Yulyana. | Capítulo 6 |