Al inicio del juego verás como Mario y Luigi llegan en kart a Villa Toad para asistir al Festival del Origami, pero como no verán a ningún habitante, decidirán ir al Castillo de Peach, donde se bajarán del coche y empezarás a controlar a Mario.
Ahora, debes caminar hacia la puerta de entrada al castillo para pulsar el botón
junto a ella y así accederás al interior.


En el hall del castillo te encontrarás con la princesa Peach y verás que tiene un aspecto raro debido a los pliegues que tiene por su cuerpo. La princesa te hará tres preguntas a las que podrás responder lo que quieras, ya que hagas lo que hagas caerás por un agujero que aparecerá en el centro de la sala.


Ese agujero te hará llegar a las mazmorras, donde te quedarás encerrado y oirás una voz pidiendo ayuda.
Lo primero que debes hacer, es pisar un círculo oscuro que está junto a la puerta del lado izquierdo. Al hacerlo, esa parte de suelo se iluminará convirtiéndose en un círculo mágico y al colocarte sobre él aparecerá un mensaje en pantalla indicando que pulses el botón
para utilizar los brazos desplegables.


A usar los brazos desplegables, aparecerán unos brazos muy largos que podrás manejar a tu antojo (el manejo dependerá del tipo de configuración que hayas elegido en los ajustes de control. Puede ser usando los botones o inclinando el mando).
Lo que debes hacer, es poner las manos sobre un trozo de papel despegado que está arriba a la izquierda de la cabeza de Mario (las manos las controlarás con la palanca
). Cuando las manos estén sobre ese trozo de papel, tendrás que pulsar
y
simultáneamente para agarrarlo y después debes tirar de él hacia la derecha para despegarlo y descubrir un hueco oculto tras el papel.


En ese hueco encontrarás a quien pedía ayuda, un personaje llamado Olivia que te acompañará durante la aventura para ayudarte. Podrás hablar con ella en cualquier momento pulsando el botón
.

A continuación, debes ir al lado derecho de la sala y tras unas cajas encontrarás un martillo. Ahora podrás usarlo pulsando el botón
para destruir cajas. Rompe la caja que está pegada a la esquina del fondo a la derecha y aparecerá un hueco por el que podrás salir de esta sala.


En la siguiente sala verás dos puertas cerradas y lo que debes hacer es romper las cajas del lado derecho para poder mirar por un agujero que hay en la pared (poniéndote a su lado y pulsando el botón
para examinar). Al hacerlo, verás a Bowser plegado y colgado de una pinza en el techo.

Tras verlo, varios personajes saldrán de esa sala dejando la puerta abierta, por lo que ahora podrás entrar para liberar a Bowser. Para hacerlo ponte junto a él y pulsa el botón
.


Tras liberarlo, usa el martillo para destruir las cajas del lado derecho y aparecerá un círculo mágico sobre el que te tendrás que poner para usar los brazos desplegables.


Agarra el trozo de papel despegado del lado derecho de la pared y tira de él hacia la izquierda para arrancarlo y dejar a la vista una escalera que ocultaba.


Sube por la escalera y llegarás a un pasillo en el que encontrarás un bloque de guardado marcado con una "G". Salta debajo de él para golpearlo y se guardarán los avances del juego. El progreso también se guardará automáticamente al salir y entrar de un nivel.

Sigue subiendo por la escalera para llegar a la parte alta del castillo y allí te volverás a encontrar a la princesa Peach acompañada por otro personaje. Al poco rato aparecerán sus secuaces y te desafiarán a un combate.

Al inicio del combate, Olivia te dirá que lo más importante en un combate es que tengas a tus rivales alineados. Para hacerlo, usa la palanca
para seleccionar el anillo donde se encuentra el rival que deseas mover y confirma pulsando el botón
. Después, vuelve a pulsar la palanca
para colocar al rival en línea con los demás.


Tras eliminar a la primera oleada de enemigos, aparecerá una segunda.
Ahora debes hacer lo mismo, es decir, alinearlos, pero el problema es que están en dos filas diferentes. Colócalos en dos filas y selecciona el martillo para golpearlos. Con el martillo puedes golpear a los enemigos que están en dos filas diferentes y el golpe afecta hasta la segunda columna, es decir, que afecta a cuatro casillas.


Tras derrotar a los dos grupos de enemigos, el acompañante de la princesa se convertirá en otro personaje llamado Olly. Este personaje es el hermano de Olivia y resulta ser el causante de todas las desgracias que están ocurriendo en Villa Toad.

Olly hará aparecer cinco grandes serpentinas de colores que se llevarán el castillo hasta lo alto de una montaña. Por suerte, Mario, Olivia y Bowser escaparán en la nave de Bowser y llegarán a la primera zona del juego, al Bosque de los Murmullos.

